행정대학원은 고급 행정공무원을 양성하고 행정 이론의 연구를 위하여 실무중심적인 교육이 행해지는 반면, 저희 과학기술정책대학원은 과학기술정책을 학문적으로 연구하는 연구자와 정부, NGO, 기업, 언론기관 등에서 일한 과학기술정책 전문가 양성을 목적으로 합니다.
그렇기 때문에 단순한 실무에만 치우친 교육을 시키기보다, 과학기술분야와 인문학, 사회과학 등 다양한 분야에 대한 교육을 체계적으로 실시합니다. 이를 통하여 종합적인 지식과 판단력을 갖춘 과학기술정책 전문가 양성을 목적으로 하고 있기 때문에 행정대학원과는 많은 차이점을 가지고 있습니다.